สถาบันวิจัยและให้คำปรึกษาฯ ดำเนินงานโดยมีคณะกรรมการอำนวยการสถาบันวิจัย ซึ่งมีอธิการบดีเป็นประธานกรรมการ ทั้งนี้ คณะกรรมการอำนวยการสถาบันวิจัยจะวางนโยบายและแผนงานของสถาบันวิจัยให้สอดคล้องกับแนวนโยบายของมหาวิทยาลัยและวัตถุประสงค์การจัดตั้งสถาบันวิจัย ในด้านการบริหารงานจะมีผู้อำนวยการเป็นผู้ดูแลและรับผิดชอบการบริหารงานทั่วไปของสถาบันและเป็นผู้บังคับบัญชาผู้ปฏิบัติงานของสถาบันวิจัยทุกคน และมีรองผู้อำนวยการช่วยบริหารงานของสถาบันวิจัย นอกจากนี้ อธิการบดียังแต่งตั้งผู้ปฏิบัติงานของสถาบันวิจัยคนหนึ่งทำหน้าที่เลขานุการสถาบันวิจัยเพื่อควบคุมดูแลการปฏิบัติงานของผู้ปฏิบัติงานของสถาบันวิจัยและช่วยเหลือผู้อำนวยการในการปฏิบัติงาน โครงสร้างองค์กรของสถาบันวิจัยจึงมีลักษณะดังนี้